А мы выбрали другой вариант! Выиграл упрощенец, переделываем смету с учетом этого: убираем НДС на работы, оставляем только на материалы и механизмы, применяем понижающие коэффициенты на накладные и прибыль, оставшуюся сумму прописываем отдельной строкой как "разница между НМЦ и победителем торгов, работающего по УСН". Выигранную сумму должны отдать-отдаем! А с Подрядчиком пусть налоговая уже разбирается!