Цитата
Марина Мамонтова пишет: Деньги идут из федерального бюджета. Подрядчик... берет дополнительно... Резка стального... Это привело к значительному увеличению сметной стоимости.

Сначала у заказчика возникает потребность в выполнении некоторой работы, составляется и утверждается опись работ (в самом легком случае), проект, а в нем смета.
Смету изучает до каждой запятой заказчик, и только после этого утверждает/неутверждает её.
После этого появляется договор на выполнение работ (по утвержденной смете), в котором должны быть предусмотрен порядок расчетов за выполненные работы, условия выполнения работ, не предусмотренных технической документацией.
Работа с подрядчиком должна вестись в соответствии с условиями заключенного договора/контракта, и вопросы, аналогичные Вашим должны разрешаться автоматически без привлечения консультантов.
Если у Вас не так, значит Вы некачественно провели какой-либо этап, предшествующий подписанию договора/контракта. К составлению договора надо относиться предельно внимательно, а не так халатно, как в большинстве выставляется на торги. Если нет штатного квалифицированного специалиста, который в состоянии решать такие вопросы профессионально и качественно – это Ваш жирный минус.

У Вас деньги федеральные, контракт должен быть с твердой ценой, в контракте скорее всего ничего нет про порядок расчетов и допработы (иначе бы решали вопросы а не задавали их), следовательно подрядчику там ловить на резке профнастила нечего.
К тому же, Чтобы у подрядчика появилось право на выставление требований по работам, неучтенным в технической документации, необходимо соблюдение процедуры, прописанной в п.5 статьи 709 ГК РФ, в противном случае он этого лишается.