1. НДС не только на материалы при УСНО. См. письмо № НЗ-6292/10 от 06.10.2003. Его пока что никто не отменял, только правим 20% на 18%, и применяем ставку удельного веса затрат на материалы в постатейной структуре НР в соответствии с МДС 81-33.2004, приложение 8 - 0,1712 (вместо 0,183).
2. 0,94 к НР и 0,9 к СП - обязательно (письмо Минрегиона № 3735-КК/08 от 21.02.2011г.)
3. Вы имели полное право составить СВОЮ смету на объем и перечень работ, выставленный на торги. Там вполне могли быть использованы расценки отличные от расчета заказчика (и тем самым приблизить сумму к выигранной, не взирая на отсутствие НДС). Навязывать свою смету у заказчика нет никакого права - он "торговал" не смету, а перечень работ и качество материалов.
4. Всегда в спорных вопросах искать аргументы, т.е. нормативы и правила. И если вы найдете это, ни один заказчик не сможет устоять