КонсультантПлюс: примечание.
С 1 января 2013 года формы первичных учетных документов, содержащиеся в альбомах унифицированных форм первичной учетной документации, не являются обязательными к применению. Вместе с тем обязательными к применению продолжают оставаться формы документов, используемых в качестве первичных учетных документов, установленные уполномоченными органами в соответствии и на основании других федеральных законов (например, кассовые документы) ("информация" Минфина России N ПЗ-10/2012).
Здесь речь идет о "Альбоме унифицированных форм первичной учетной документации по учету работ в капитальном строительстве и ремонтно-строительных работ"
(формы утверждены Постановлением Госкомстата РФ от 11.11.1999 N 100) в котором собственно и содержатся формы КС-2, КС-3 и многие другие....

Бухгалтер явно перегибает палку и перестраховывается. Формы КС-2, КС-3 как и были так и остались, никто их не отменял, они до сих пор унифицированы))), на них по прежнему можно ссылаться в тексте договора и использовать при расчетах между заказчиком и подрядчиком. Просто если их применение при приеме-передаче выполненных работ являлось ОБЯЗАТЕЛЬНЫМ, то теперь это требование снято, то есть можно теоретически пользоваться другими способами оформления приема-передачи выполненных (этапов выполненных) работ. Думаю в дальнейшем выйдут некие пояснения о том какую информацию эти "другие способы оформления" должны содержать (например: номер и дату документа, период выполнения работ, номер и дату договора подряда, наименование объекта, физические объемы работ, стоимость работ по акту и т.д. и т.п.).
Поэтому до выхода всех пояснений-разъяснений и пока в текстах договоров есть указания про КС-2 и КС-3 все,на мой взгляд, так и будет оформляться по старому.
А у бухгалтера попросите показать ее "закон о бухучете"))))) сомневаюсь, что в документе прописано что формы нужно оформлять приложением к договору, скорее всего это комментарии какого-то не очень разумного специалиста.