Федеральное государственное учреждение «Главное управление государственной экспертизы» (ФГУ «Главгосэкспертиза России»)
или суд...
Но каждый раз по обстановке...

Ни одна экспертиза не имеет право сказать НЕТ, не подкрепив это конкретным обоснованием.
Требуйте обоснование.
Не будет обоснований - начните с жалобы руководству экспертизы на вашего проверяющего эксперта, если вы уверены в необоснованности претензий инспектора.

На мой конкретный вопрос конкретно ответили в журнале "Консультации и разъяснения по вопросам сметного ценообразования..." №3 за 2010 год (Вопрос 4.01). Только журнал к нам поступил через 9 мес. после разногласий с экспертизой. А во время прохождения экспертизы ( в декабре 2009 года)нужно было получить заключение до 15 дек,иначе не успеют профинансировать. Эксперты сказали (устно): или снижаете цену (убираете коэффициенты), или не получите заключение до конца месяца. На вопрос:на каком основании нужно убирать коэффициенты? отвечают: есть такое письмо Госстроя (ФАС и т.д.). На просьбу показать письмо, отвечают, что не обязаны, что у них и так работы много, и общаться с нами и искать письма им некогда.
И "никто не может оказывать давление на эксперта..." как у них написано на входной двери.
И куда на них жаловаться, если время ограничено и письменных указаний такого плана они в жизни не дают? А их руководитель за них заступается.
В моей практике был только один случай, когда экспертиза уступила. На прошлом месте работы мой директор пришел к руководителю экспертизы и сказал:напишите все свои замечания письменно, я с этим пойду в прокуратуру. Через два дня получили мы заключение, в котором не было ни одного замечания. Но перед этим я с экспертизой "бодалась" чуть ли не год, и только угроза прокуратурой прекратила эти их придирки.
Расссказывать примеров можно ещё, разве Вы сможете их пресечь? Расскажите лучше, к кому обращаться, чтобы оперативно и действенно получать ответы (консультации), которые будут аргументов для экспертов.